Grupy te opracowują programy działań dla osiągnięcia określonych celów, które następnie Komisja przedkłada Stronom Umowy w formie projektów i zaleceń.

Sekretariat MKOOpZ wspiera Komisję, Przewodniczącego Komisji, Przewodniczących Delegacji oraz grupy robocze w realizacji ich zadań.

Działalność Komisji finansowana jest przede wszystkim ze składek trzech stron umowy, a także z darowizn, subwencji, odsetek i środków pochodzących z innych źródeł.

Przewodnictwo komisji i Delegacje Stron Umowy Przewodnictwo Komisji obejmowane jest każdorazowo na okres trzech lat przez delegację jednej ze stron umowy. Przewodniczący komisji jest wyznaczany przez delegację, która w danym okresie sprawuje przewodnictwo przed jego objęciem, na cały czas jego trwania. Przewodniczący reprezentuje Komisję, prowadzi zwyczajne i nadzwyczajne posiedzenia Komisji oraz narady Przewodniczących Delegacji. W pierwszym okresie działalności MKOOpZ, tzn. do końca roku 2001, obejmującym również okres „tymczasowy” (1996–1999), przewodnictwo Komisji sprawowała Delegacja Rzeczypospolitej Polskiej.