Po okresie rozłamu w środowisku konserwatywnym po 1930 r. Bobrzyński planował założenie kolejnych dwóch oddziałów SPN w Zamościu i Kaliszu. Po niepowodzeniu tych działań postanowił zaangażować się w prowadzenie działalności wydawniczej własnego pisma "Nasza Przyszłość". W piśmie tym otwarcie krytykował współpracę niektórych środowisk konserwatywnych z BBWR. W 1930 r. założył Koło Przyjaciół "Naszej Przyszłości", które w listopadzie 1934 r. zostało przekształcone w Związek Polskiej Myśli Państwowej. Bobrzyński podjął również kilka samodzielnych inicjatyw w ramach swojego pisma. Nawiązał kontakty z ukraińskimi kręgami prawicowo-konserwatywnymi i w ramach tej współpracy wydał szereg dodatków, jak np. "Przegląd Polsko-Ukraiński" i "Miesięcznik Naukowy Polsko-Ukraiński". W 1934 zmienił nazwę pisma na "Trybuna polskiej myśli naukowej", co było odpowiedzią na zmiany w obozie konserwatywnym i utworzeniem jednej organizacji, do której już Jan Bobrzyński nie wstąpił.
W trakcie II wojny światowej pracował w Radzie Głównej Opiekuńczej, popadł jednak w konflikt z hrabią Adamem Ronikierem. Następnie nawiązał współpracę z Kazimierzem Morawskim oraz Jerzym Osmołowskim.