W Drugiej lidze w grupie Istok w sezonie 1998/99 występowało 18 drużyn. Drużyna Miasto Sezon 1997/98 Uwagi Drużyny, które spadły z Prvej ligi SR Јugoslavije 1997/98: FK Čukarički Belgrad Belgrad-Czukarica 11. miejsce grupy A przegrał baraże z FK Radnički Kragujevac FK Bečej Bečej 12. miejsce grupy B Drużyny, które występowały w Drugiej lidze Istok SR Јugoslavije 1997/98: FK Zvezdara Belgrad Belgrad-Zvezdara 2. miejsce FK Mladost Apatin Apatin 3. miejsce FK Hajduk Belgrad Belgrad-Zvezdara 4. miejsce FK Napredak Kruševac Kruševac 5. miejsce OFK Kikinda Kikinda 6. miejsce FK Dinamo Pančevo Pančevo 7. miejsce FK Bor Bor 8. miejsce FK Beograd Belgrad-Palilula 9. miejsce RFK Novi Sad Nowy Sad 10. miejsce FK Palilulac Belgrad Belgrad-Palilula 11. miejsce FK Radnički Belgrad Belgrad-Nowy Belgrad 12. miejsce Drużyny, które awansowały z Srpskiej ligi 1997/98: FK ČSK Pivara Čelarevo Čelarevo 1. miejsce Srpska liga – Vojvodina FK Jedinstvo Paraćin Paraćin 1. miejsce Srpska liga – Timok FK Kolubara Lazarevac Belgrad-Lazarevac 1. miejsce Srpska liga – Beograd FK Niška Banja Niška Banja 1. miejsce Srpska liga – Nis FK Vrbas Vrbas 2.