W Drugiej lidze w grupie Istok w sezonie 1999/00 występowało 18 drużyn. Drużyna Miasto Sezon 1998/99 Uwagi Drużyny, które występowały w Drugiej lidze Istok SR Јugoslavije 1998/99: FK Bor Bor 12. miejsce FK Jedinstvo Paraćin Paraćin 13. miejsce FK Napredak Kruševac Kruševac 15. miejsce Drużyny, które występowały w Drugiej lidze Zapad SR Јugoslavije 1998/99: FK Železničar Lajkovac Lajkovac 5. miejsce FK Budućnost Valjevo Valjevo 12. miejsce FK Mladi Radnik Požarevac Požarevac 13. miejsce FK Loznica Loznica 14. miejsce FK Crvena Zvezda Gnjilane Gnjilane 17. miejsce Drużyny, które awansowały z Srpskiej ligi 1998/99: FK Rudar Kostolac Kostolac 1. miejsce Srpska liga – Dunav FK Trajal Kruševac Kruševac 1. miejsce Srpska liga – Timok OFK Niš Nisz 1. miejsce Srpska liga – Nis FK Radnički Svilajnac Svilajnac 2. miejsce Srpska liga – Timok FK Rudar Aleksinački Rudnik Aleksinački Rudnik 2. miejsce Srpska liga – Nis FK ZSK Valjevo Valjevo 2. miejsce Srpska liga – Dunav FK Dubočica Leskovac Leskovac 3. miejsce Srpska liga – Nis FK Radjevac Krupanj Krupanj 3. miejsce Srpska liga – Dunav FK Temnić Varvarin Varvarin 3. miejsce Srpska liga – Timok FK Vučje Vučje 4.