Organy W kościele znajdują się 56-głosowe organy wybudowane przez firmę Wacława Biernackiego z Krakowa. Wybudowano je w 1961 roku. Pierwotnie posiadały 60 głosów i znajdowały się one w Filharmonii im. Karola Szymanowskiego w Krakowie. Do kościoła trafiły w 1978 roku dzięki pomocy kardynała Karola Wojtyły, ponieważ Filharmonia planowała zakup nowszego instrumentu. Podczas transportu do Nowego Targu zagubiły się 4 głosy językowe. Pierwszy raz zagrały podczas pasterki w 1978 roku. Poświęcił je kardynał Franciszek Macharski 28 stycznia 1979 roku. mały Wiosną 2016 roku firma Lecha Skoczylasa z Krakowa rozpoczęła remont instrumentu. Wymieniono elektronikę, a piszczałki prospektowe zostały posrebrzone.
Dyspozycja instrumentu: Manuał IManuał IIManuał IIIPedał1. Praestant 16'1. Flet kryty 8'1. Kwintaton 16'1. Pryncypał 16' (drewno)2. Pryncypał 8'2. Kwintadena 8'2. Pryncypał 8'2. Salicet 16'3. Bourdon 8'3. Dolce 8'3. Flet Rurkowy 8'3. Subbas 16'4. Gemshorn 8'4. Pryncypał 4'4. Salicet 8'4. Kwinta 10 2/3' (drewno, kryta)5. Dulcjan[a] 8'5. Flet Blokowy 4'5. Oktawa 4'5. Oktawa 8'6. Oktawa 4'6. Sesquialtera 2x (2 2/3')6. Flet 4'6. Flet basowy 8'7. Flet Rurkowy 4'7. Oktawa 2'7. Nasard 2 2/3'7. Chorałbas 4'8. Kwinta 2 2/3'8. Flet kwintowy 1 1/3'8. Róg Nocny 2'8. Flet 4'9. Oktawa 2'9. Oktawin 1'9. Tercja 1 3/5'9. Oktawa 2'10.