XIX wieku, w sporadycznych przypadkach miała miejsce aż do roku 1936.
Lazzaretto używane było przez władze zdrowotne do roku 1939, kiedy zostało zarekwirowane przez Admiralicję do użytku w celach militarnych podczas II wojny światowej. Między 1941 a 1942 rokiem był tam skład części do łodzi podwodnych, budynki były bombardowane wiele razy przez niemieckie i włoskie lotnictwo. Wiele z nich zostało wtedy zniszczonych, niektóre inne budowle rozebrano z powodu uszkodzeń, których doznały podczas nalotów.
W roku 1949 kompleks został ponownie otwarty jako szpital, i pozostał nim aż do opuszczenia Malty przez Royal Navy w latach 70. XX wieku. Następnie został opuszczony i popadł w stan zaniedbania.
Od jego zamknięcia w części Lazzatetto umieszczono schronisko dla porzuconych psów.
Współcześnie Dziś Lazzaretto jest opuszczone, część budynków się zawaliła, inne są bliskie tego.
Kompleks ma zostać odrestaurowany przez firmę deweloperską MIDI plc, która już odnowiła pobliski Fort Manoel oraz Fort Tigné. Planowana renowacja obejmowałaby naprawę istniejącej kamieniarki oraz rekonstrukcję zniszczonych struktur. Po renowacji kompleks ma być przeznaczony na rezydencje, biura, restauracje, kasyno oraz hotel butikowy. Planowany jest również podziemny garaż.