Marek Andrzej Wagner (ur. 1946) – polski historyk, profesor nauk humanistycznych.
Specjalizuje się w historii nowożytnej i historii wojskowości. Doktorat obronił w 1989. Habilitował się w 1998. Tytuł naukowy profesora uzyskał w 2013Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 9 września 2013 r. nr 115-10-13 o nadaniu tytułu naukowego profesora (). W latach 2003–2006 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Historii Akademii PodlaskiejStrona Instytutu Historii i Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Przyrodniczo–Humanistycznego w Siedlcach. Był kierownikiem Zakładu Historii Nowożytnej w Instytucie Historii Uniwersytetu Przyrodniczo–Humanistycznego w SiedlcachMądre Książki.
Autorskie publikacje monograficzne Województwo stołeczne warszawskie (wraz z Markiem Plewczyńskim; 1980) Grody nadwiślańskie: Zakroczym, Czerwińsk, Wyszogród (wraz z Markiem Plewczyńskim; 1980) Kadra oficerska armii koronnej w drugiej połowie XVII wieku (1992) Poczet rodzin polskich: Kowalscy (wraz z Markiem Plewczyńskim;