Zwiększone odprowadzanie ciepła powoduje spadek temperatury soli paliwa, co powoduje zwiększoną reaktywność, a to z kolei zwiększa moc. Odwrotnie, redukcja usuwania ciepła najpierw zwiększy temperaturę reaktora, obniżając reaktywność, a następnie zmniejsza moc reaktora. Jeśli całe odprowadzone ciepła zostanie utracone, moc reaktora spadnie do bardzo niskiego poziomu.
Jako urządzenie zapasowe (i metoda zatrzymania do konserwacji), IMSR wykorzystuje pręty wyłączające wypełnione absorberem neutronowym. Podobnie jak w przypadku innych reaktorów ze stopioną solą, reaktor można również wyłączyć poprzez odprowadzenie soli paliwowej z jednostki rdzeniowej do zbiorników magazynowych.
Chłodzenie mały|500x500px|Sposób chłodzenia IMSR Reaktor jądrowy jest systemem energii cieplnej – wytwarza ciepło, transportuje je i ostatecznie przekształca w ruch w silniku cieplnym, w tym przypadku w turbinie parowej. Takie systemy wymagają, aby ciepło było usuwane, transportowane i przekształcane w tym samym tempie, w jakim zostało wygenerowane.