W 1961 podjęte zostały z kolei kroki na rzecz ograniczenia i tak okrojonej administracyjnej samodzielności Syrii. W sierpniu tego roku odrębne rady wykonawcze zostały rozwiązane, a całym krajem miał zarządzać rząd rezydujący w Kairze. Do armii syryjskiej sprowadzano oficerów egipskich, podczas gdy Syryjczyków kierowano do Egiptu, za granicę lub kierowano na emeryturę. Syryjskie elity gospodarcze w dalszym ciągu negatywnie postrzegały promowaną przez Nasera socjalistyczną politykę. Niekorzystna dla trwałości unii była również marginalizacja byłej Partii Baas, najpoważniejszej syryjskiej siły politycznej popierającej związek z Egiptem.
W lipcu 1961 Naser zdymisjonował wiernego sobie as-Sarradża ze stanowiska ministra spraw wewnętrznych i szefa służby bezpieczeństwa, by sam stanąć na jej czele. Krok ten osłabił służby i ułatwił działanie wojskowym syryjskim spiskującym na rzecz rozbicia unii.