W marcu 1987 został nowym przewodniczącym Fine Gael i jednocześnie liderem opozycji. Kierowane przez niego ugrupowanie w wyborach w 1989 uzyskało kilka mandatów więcej, lecz pozostało w opozycji. Rok później kandydat FG zajął trzecie (ostatnie) miejsce w wyborach prezydenckich. W konsekwencji w listopadzie 1990 Alan Dukes ustąpił z zajmowanego stanowiska. Od grudnia 1996 do czerwca 1997 był ministrem transportu, energii i komunikacji w gabinecie swojego następcy – Johna Brutona. W 2001 wsparł kandydaturę Michaela Noonana w wyborach na lidera FG. W wyborach do Dáil Éireann w 2002 nie uzyskał poselskiej reelekcji.
W latach 2001–2011 był prezesem Alliance française w Dublinie. W latach 2003–2007 pełnił funkcję dyrektora generalnego think tanku Institute of International and European Affairs. W 2008 został dyrektorem w banku Anglo Irish Bank, a w 2010 prezesem nowo utworzonej instytucji Irish Bank Resolution Corporation.
W 2004 odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Zasługi Rzeczypospolitej Polskiej oraz Legią Honorową IV klasy.