Włączył się wówczas w działalność konspiracyjną organizacji Obrona Narodu i został dowódcą jej oddziału w Czeskich Budziejowicach, jednocześnie w cywilu kierował miejscowym urzędem ewidencji działalności gospodarczej. W maju 1940, zagrożony aresztowaniem przez gestapo, które wpadło na jego trop, opuścił kraj i przez Słowację, Węgry, Jugosławię i Turcję dotarł na Bliski Wschód, gdzie w czerwcu 1940 został zastępcą dowódcy 4 czechosłowackiego pułku piechoty w Palestynie.
Od października 1941 do kwietnia 1942 wraz z pułkiem brał udział w bitwie o Tobruk i walkach z wojskami niemieckimi i włoskimi w Libii, we wrześniu 1943 został zastępcą dowódcy 1 Czechosłowackiej Brygady Pancernej w Wielkiej Brytanii, od marca do sierpnia 1944 kierował wydziałem Ministerstwa Obrony Narodowej w Londynie, później został włączony w skład I Czechosłowackiego Korpusu Armijnego walczącego u boku Armii Czerwonej, gdzie objął dowództwo 3 Czechosłowackiej Samodzielnej Brygady, a 3 kwietnia 1945 całego korpusu. Uczestniczył w operacji karpacko-dukielskiej i w walkach o wyzwolenie Słowacji i Moraw, był dwukrotnie ranny. W maju 1945 wziął udział w paradzie wojskowej na Placu Wacława.