W końcu 1959 przeniesiona do Kairu została cała eskadra MiG-19, w której służył al-Asad.

Komitet Wojskowy W Kairze al-Asad obracał się przede wszystkim w towarzystwie innych wojskowych syryjskich. Nastawienie Egipcjan do unii z Syrią było już w tym czasie negatywne. Działaczy dawnej partii Baas postrzegano nie jako partnerów, lecz osoby podejrzane i sprawiające liczne problemy. Równocześnie syryjscy wojskowi działający dawniej w partii Baas doszli do przekonania, że klęska unii była w znacznej mierze wynikiem błędnej polityki jej cywilnych liderów – Michela Aflaka i Salah ad-Dina al-Bitara. Poglądom takim zaczął hołdować także al-Asad, który w 1960 znalazł się w grupie pięciu oficerów tworzących nową tajną organizację – Komitet Wojskowy. Jako inspiracja dla niej posłużyła organizacja egipskich Wolnych Oficerów, jak również fakt, iż w niepodległej Syrii kilkakrotnie do władzy drogą zamachu stanu dochodzili wojskowi. Liderem grupy był początkowo najwyższy w niej stopniem podpułkownik Muhammad Umran, poza nim w Komitecie Wojskowym znaleźli się majorzy Salah Dżadid oraz Ahmad al-Mir oraz kapitanowie al-Asad i Abd al-Karim al-Dżundi. Al-Asad, Umran i Dżadid byli alawitami, al-Mir i al-Dżundi – ismailitami. Wszyscy przed 1958 działali w partii Baas.