W kwietniu 1945 objął stanowisku dyrektora wielowydziałowego Okręgowego Muzemum Górnośląskiego w Bytomiu, jednocześnie sprawując nadzór merytoryczny nad muzeami w Bielsku i Cieszynie, Częstochowie i Raciborzu. W 1952 obronił pracę doktorską pt. Zarys Kultury materialnej górali śląskich na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Poznańskiego i uzyskał stopień doktora filozofii. Dzięki jego staraniom o rozbudowę gmach muzealny w Bytomiu zyskał nowe pomieszczenia dla zbiorów. Jednak w wyniku perypetii związanych z walką o nową część gmachu muzealnego, którą zawłaszczyła inna protegowana instytucja, Malicki stracił posadę dyrektora i został zwolniony z pracy. Po tym wydarzeniu pracował kolejno w Muzeum Etnograficznym w Łodzi (1954), w Bytomskiej Hurtowni Farmaceutycznej, przez kilka miesięcy w Muzeum Pomorskim w Gdańsku oraz w Muzeum Etnograficznym w Krakowie.
W 1958 Jan Chranicki (1906–1976), ówczesny dyrektor Muzeum Pomorskiego w Gdańsku powierzył mu stanowisko kierownika nowo powstałego działu etnograficznego. Początkowo dział ten mieścił się w obiekcie należącym niegdyś do franciszkanów (w latach 1558-1817 siedziba Gdańskiego Gimnazjum Akademickiego) przy ul. Toruńskiej na Starym Przedmieściu.