W 1942 i 1943 rozgrywki o mistrzostwo Estonii zostały wznowione, ale w 1944 znów zawieszone z powodu ataku Armii Radzieckiej, w wyniku którego ZSRR ponownie okupują Estonię. W 1945 ponownie startują mistrzostwa Estońskiej SRR. To nie były pełnowartościowe mistrzostwa tak jak najlepsze kluby kraju uczestniczyły w mistrzostwach ZSRR. W 1990 dodatkowo organizowano rozgrywki Baltic League, w których uczestniczyły m.in. najlepsze drużyny Estońskiej SRR - Sport Tallinn i ASK Fosforit Tallinn, który wycofał się z turnieju po 13 meczach.
20 sierpnia 1991 – po puczu Janajewa Estonia deklaruje niepodległość, 6 września uznaną przez ZSRR.
Rozgrywki najwyższej ligi zwanej Meistriliiga w obecnym formacie zainaugurowano w sezonie 1992Estonia – List of Champions – RSSSF..
Mistrzowie i pozostali medaliści
1945–1992Mistrzostwa ZSRR
Statystyka Klasyfikacja według klubów W dotychczasowej historii Mistrzostw Estonii na podium oficjalnie stawało w sumie 28 drużyn. Liderem klasyfikacji jest Flora Tallinn, która zdobyła 16 tytułów mistrzowskich.
Stan po zakończeniu sezonu 2025.