Od XIV w. klasztor zaczął podupadać wskutek wojen i zaraz, m.in. został splądrowany przez księcia Geldrii Edwarda w drugiej połowie XIV w. oraz przez mieszczan z Nijmegen w 1499). W drugiej połowie XV w. doszło także do sporu między zakonnicami a książętami Kleve, którzy uważali, że w klasztorze doszło do zbytniego rozluźnienia dyscypliny. Ostatecznie w 1519 papież Leon X zamienił klasztor w żeńskie zgromadzenie świeckich kanoniczek. Z kolei po 1604 zgromadzenie zostało przeniesione do bezpieczniejszego Kleve, a budynki w Bedburgu zostały niezamieszkane i niszczały. Likwidacja zgromadzenia nastąpiła w 1802, a w 1804 kościół w Bedburgu został świątynią parafialną.
Kościół Pierwotny kościół nosił wezwanie Najświętszej Marii Panny i św. Jana Chrzciciela, a od XVI w. jedynie św. Jana Chrzciciela. Był romańską budowlą wzniesioną na centralnym planie krzyża greckiego z wieżą wznoszącą się na przecięciu ramion krzyża. W dwóch wschodnich filarach podtrzymujących centralną wieżę znajdowały się klatki schodowe prowadzące na galerię. W połowie XV w. wschodnie ramię zostało przebudowane i rozbudowane w stylu gotyckim, z trójbocznym zamknięciem. W 1774 zabudowania klasztorne i większość kościoła zostały zburzone;