Po wyzdrowieniu i wyleczeniu ran udał się w swoje rodzinne strony, gdzie prawdopodobnie należał do konspiracji. W 1940 r. na dworcu kolejowym w Rzeszowie został aresztowany. 10 stycznia 1941 r. przybył do obozu koncentracyjnego Auschwitz, gdzie 11 listopada tegoż roku został rozstrzelany (według dokumentacji SS rozstrzelany został 10 listopada 1941 r.).
Część źródeł podaje, że mjr Jan Wilczak zmarł 9 września 1939 r. w szpitalu w Rozwadowie (obecnie dzielnica Stalowej Woli), w wyniku ran odniesionych pod Broniną .
Jan Wilczak upamiętniony jest na cmentarzu wojennym w Stalowej Woli-Rozwadowie.
Awanse 35px porucznik (zweryfikowany w tym stopniu został z dniem 1.6.1919) 35px kapitan (1.1.1928) 35px major (1.1.1935)
Ordery i odznaczenia Krzyż Walecznych (dwukrotnie) Złoty Krzyż Zasługi (25 maja 1939) „za zasługi w służbie wojskowej”. Srebrny Krzyż Zasługi (10 listopada 1928)M.P. z 1928 r. nr 260, poz.