Biologia i ekologia Kwiaty tego gatunku są zapylane przez owady. Kwitnienie trwa od marca do maja, a owoce dojrzewają od czerwca do lipca. Nietoperze żywią się miąższem owoców. Dla kilku gatunków grzybów tonkowiec wonny jest żywicielem: Anthostomella abdita, Diatrype ruficarnis, Macrophoma calvuligera i Myococopron cubense.
Datowanie radiowęglowe pni tonkowca wykazało, że drzewa osiągają wiek ponad tysiąc lat. Przed tym odkryciem nie przypuszczano by drzewo amazońskie mogło żyć tak długo ze względu na trudne warunki panujące w lasach tropikalnychAnna Lewington i Edward Parker, Ancient Trees: Ancient Trees: Trees that Live for a Thousand Years (Collins i Brown: Londyn, 1999), s. 64..
Fitochemia i właściwości nasion Nasiona tonkowca zawierają kumarynę w ilości od 1 do 3%, a rzadko nawet do 10%. Kumaryna odpowiada za przyjemny zapach nasion.