W 1930 został zastępcą szefa Departamentu Uzbrojenia i awansował na podpułkownika. W marcu 1932 został przeniesiony do Instytutu Badań Materiałów Uzbrojenia na stanowisko kierownika. 1 stycznia 1935, już jako pułkownik, został mianowany kierownikiem Instytutu Technicznego Uzbrojenia. Obie te placówki miały charakter naukowo-badawczy oraz konstrukcyjno-eksperymentalny i przyczyniły się do dobrego zorganizowania polskiego przemysłu zbrojeniowego oraz rozwinięcia prac badawczych w dziedzinie techniki. Podczas pobytów w zakładach zbrojeniowych Francji, Szwajcarii i Węgier, Stanisław Witkowski zaznajamiał się z poziomem techniki wojskowej. W 1934 został skierowany do zarządu Stowarzyszenia Mechaników Polskich z Ameryki, gdzie został członkiem zarządu Wytwórni Obrabiarek i Narzędzi Stowarzyszenia Mechaników Polskich z Ameryki (SMPzA) w Pruszkowie. Prezesem tego zarządu był Stefan StarzyńskiJózef Piłatowicz Kadra inżynierska wytwórni obrabiarek i narzędzi Stowarzyszenia Mechaników Polskich z Ameryki w Pruszkowie w okresie międzywojennym (część I) (wersja online - przeszukiwalna) (przypis 1) pisze: "W 1934 r. władze wojskowe skierowały go do zarządu SMPzA, wtedy właśnie fabryka pruszkowska zaczynała rozszerzać szybko dział produkcji zbrojeniowej.