Zespół przyjął trzy kluczowe parametry, które będą stanowić dominujące nurty narracji historycznej:
prezentacja szerokiej perspektywy życia żydowskiego w Polsce podczas okupacji niemieckiej, wychodząca poza ramy historii Żydów w getcie warszawskim; historia getta warszawskiego opowiedziana na tle dziejów okupowanej Warszawy; przekazanie uniwersalnego przesłania, zgodnie z którym tragedia Holokaustu i zagłada Żydów w Warszawie jest punktem wyjścia do poznania losu innych ofiar nazistowskich prześladowań i do ukazania humanistycznych wartości, takich jak tolerancja, współczucie do mniejszości, dialog między grupami religijnymi, etnicznymi i narodowymi.
Wystawa stała Muzeum ma opierać się na autentycznych artefaktach pochodzących z okresu okupacji niemieckiej.
Prace nad wystawą od początku były przedmiotem publicznego sporu. Po ogłoszeniu w 2018 roku, że Daniel Blatman będzie głównym historykiem wystawy stałej, część polskich i izraelskich badaczy Zagłady zarzucała projektowi ryzyko podporządkowania narracji polityce historycznej rządów PiS. Krytycy obawiali się, że eksponowanie motywu polsko-żydowskiej solidarności i nacisku na niemieckich sprawców może przesłonić antysemityzm, szantażowanie, denuncjowanie oraz zabijanie Żydów przez Polaków w czasie okupacji.