Po uzyskaniu niepodległości przez Litwę w 1990 roku i organizowaniu własnych mistrzostw klub został przydzielony do trzeciej ligi. W sezonie 1991 zajął 6.miejsce w strefie Małej Litwy. Latem 1991 po reorganizacji systemu lig klub pozostał w trzeciej lidze. Po zakończeniu sezonu 1993/94 spadł do czwartej ligi. W sezonie 1996/97 zajął 4.miejsce w strefie Kłajpedy, ale potem zrezygnował z występów. Dopiero po kilku latach powrócił do rozgrywek krajowych w sezonie 2001/02. Zespół startował w drugiej lidze, gdzie zajął 4.miejsce w strefie zachodniej. W następnym sezonie 2002/03 znów był czwartym. Ale po przejściu na system wiosna-jesień sezon 2003 zakończył na ostatnim 10.miejscu w strefie zachodniej i spadł do trzeciej ligi. W 2005 po powrocie do drugiej ligi zajął 10.miejsce w strefie zachodniej, ale potem został rozwiązany.
W 2010 klub został reaktywowany jako FK Palanga. W sezonie 2011 zajął pierwsze miejsce w strefie zachodniej drugiej ligi i awansował do pierwszej ligi. W sezonie 2012 zajął 8.miejsce. W kolejnych sezonach 2013 i 2014 był na 12.pozycji. Sezon 2015 zakończył na 5.lokacie. W 2016 zajął drugie miejsce, a w 2017 zwyciężył w I lidze i otrzymał awans do najwyższej ligi Mistrzostw Litwy.
Miejsca w ligach krajowych 2018 – 7.