Okres II wojny światowej Świadoma zbliżającej się wojny, ze względów patriotycznych Alina Szemińska zdecydowała się na przerwanie swych badań naukowych i powrót do kraju. 31 sierpnia 1939, na kilka godzin przed atakiem wojsk niemieckich na Polskę, przyleciała samolotem do Warszawy (z dramatycznym międzylądowaniem w Berlinie)Z. Semadeni, Przedmowa do II wydania książki Nauczanie początkowe matematyki, t. 1, Warszawa, Wydawnictwa Szkolne i Pedagogiczne, 1991, s. 13.. Podjęła działania w Polskim Czerwonym Krzyżu jako kierownik Działu Poszukiwań w Biurze Informacyjnym. W połowie listopada 1942 została zadenuncjowana i wraz z rodzicami osadzona w warszawskim getcie, z którego 2 lutego 1943 udało się im uciec. Alina pod przybranym nazwiskiem „Eugenia Górska” włączyła się ponownie w tajne nauczanie jako wykładowca Wyższych Kursów Nauczycielskich, a jej rodzice ukrywali się osobnoZa ukrywanie m.in. Szemińskich odznaczenie Sprawiedliwy wśród Narodów Świata otrzymali: Aldona z Jastrzębskich Lipszycowa oraz Lech Strojecki .. Jednak już w lutym 1943 została aresztowana i osadzona w więzieniu na Pawiaku. Udało się jej ukryć prawdziwą tożsamość. Powierzono jej funkcję „korytarzowej”Do zadań „korytarzowej” należało wydawanie posiłków, sprzątanie itp. (M.