W pierwszej połowie XVII wieku opactwo zostało przebudowane, jednak w XVIII wieku zostało dwukrotnie ograbione. W 1765 klasztor wraz z kościołem niemal całkowicie spłonął. W 1798 roku przy klasztorze powstało gimnazjum, które władze komunistyczne zamknęły w 1955 roku. Przejęły także część ziem klasztoru, tworząc z nich PGR (PGR Jodłownik; w Szczyrzycu do tego PGR-u należały gospodarstwo Dobroniów i Godusza).
6 września 1939 doszło do pacyfikacji Szczyrzyca przez Niemców – zamordowano mieszkańców przysiółka Wadzyń i 39 żołnierzy Wojska PolskiegoJózef Fajkowski, Jan Religa: Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939–1945. Warszawa: Wydawnictwo Książka i Wiedza, 1981, s. 240.. W 1944 roku doszło do pacyfikacji przysiółka Smykań – za pomoc partyzantom AK. Po II wojnie światowej opactwo uhonorowane zostało orderem Virtuti Militari.