Praca naukowa Komandor Ligęza brał udział w projektach badawczych związanych głównie z Marynarką Wojenną oraz gospodarką morską, zarówno jako kierownik, jak i wykonawca. Recenzował rozprawy doktorskie i habilitacyjne, a także był sekretarzem komisji habilitacyjnych. Jest także autorem rozlicznych prac, ekspertyz, norm obronnych, artykułów, skryptów, podręczników i monografii związanych z Marynarką Wojenną, które prezentowane były na konferencjach zarówno w kraju, jak i za granicą oraz publikowane w czasopismach naukowych. Uczestniczył w pracach komitetów naukowych oraz współorganizował wiele konferencji w Polsce i za granicą. Za działalność organizatorską oraz dokonania naukowe był wielokrotnie wyróżniany wieloma nagrodami rektora AMW, a w 2009 roku został przez niego uhonorowany tytułem „Nauczyciela Roku”. Jest także redaktorem naczelnym czasopisma Studia nad Obronnością i Bezpieczeństwem.