Z dniem 7 stycznia 1930 został przydzielony (bez prawa do należności za delegację) na 8–miesięczny kurs dowódców plutonów artylerii piechoty w Szkole Strzelania Artylerii. Od dnia 21 grudnia 1930 pełnił już służbę na stanowisku referenta w Departamencie Piechoty Ministerstwa Spraw Wojskowych, do którego przeniesiono go z CSS zarządzeniem kierownika MSWojsk. – gen. dyw. Daniela Konarzewskiego. Zarządzeniem Prezydenta RP Ignacego Mościckiego z dnia 9 listopada 1931 odznaczony został, za pracę w dziele odzyskania niepodległości, Krzyżem Niepodległości. W 1932 zajmował 194. lokatę wśród kapitanów piechoty w swoim starszeństwie i nadal pełnił służbę w Departamencie Piechoty MSWojsk. (przydzielony był do Szefostwa Departamentu, którym kierował wówczas płk dypl. Józef Ćwiertniak).
W kwietniu 1932 kpt. Witkowski został przeniesiony (zarządzeniem Ministra Spraw Wojskowych – marszałka Józefa Piłsudskiego) w korpusie oficerów piechoty, z Departamentu Piechoty MSWojsk. do Korpusu Ochrony Pogranicza, co zostało ogłoszone w Dzienniku Personalnym MSWojsk. z dnia 9 grudnia 1932. Jednocześnie z dniem 6 kwietnia 1932 został oddelegowany z KOP-u (bez prawa do należności za delegację) na 6–tygodniową praktykę do warszawskiej Zbrojowni Nr 2. Od 10 lipca 1932 r.