Pokój papieski W tym pokoju mieszkał Karol Wojtyła, kiedy w latach 1955-1978 przebywał w Warszawie jako ksiądz, biskup i kardynał. Tu spędził noc z 2 na 3 października 1978, ostatnią przed wyjazdem na konklawe. Wystrój wnętrza zachowano bez większych zmian. W gablotach wystawione są przedmioty związane z Ojcem Świętym Janem Pawłem II – jego sutanna, buty i alba, oraz różne inne, ofiarowane przez niego Zgromadzeniu. Ten narożny pokój, zwany teraz papieskim, zamieszkiwała w latach 1931-1939 podczas swoich pobytów w Warszawie także m. Urszula Ledóchowska, Założycielka Zgromadzenia. Na rogu ul. Wiślanej i ul. Dobrej znajduje się tablica upamiętniająca pobyty Ojca Świętego Jana Pawła II w Szarym Domu.
Kaplica Kaplica mieści się w zachodnim skrzydle domu. Poświęcił ją 21 października 1931, w dniu święta patronki Zgromadzenia, św. Urszuli męczennicy, ks. bp Stanisław Gall. Odbudowaną po zniszczeniach wojennych kaplicę poświęcił ks. kard. August Hlond 13.10.1948, a odnowioną i przebudowaną – ks. bp Władysław Miziołek 31 października 1972. Po lewej stronie kaplicy znajduje się obecnie tablica upamiętniająca posługę kapłańską Karola Wojtyły w latach 1955-1978 w tym miejscu oraz jego wizytę jako Ojciec św. Jan Paweł II w kaplicy Szarego Domu podczas pobytu w 1999 roku.