Po rekonwalescencji, Pontius zanotował świetny sezon 2012, kiedy to strzelił dwanaście bramek i był czołowym zawodnikiem rozgrywek MLS. Został wówczas wybranym najlepszym piłkarzem roku w United i znalazł się w najlepszej jedenastce ligi – MLS Best XI. W lipcu 2012 wziął udział w meczu gwiazd MLS (All-Star Game) z Chelsea (3:2), kiedy to strzelił gola i został wybrany najlepszym zawodnikiem spotkania. Dwa miesiące później podpisał nowy, wieloletni kontrakt z klubem. W 2013 roku zdobył z drużyną U.S. Open Cup, lecz sam nie potrafił podtrzymać formy z poprzednich rozgrywek, ponownie będąc trapionym przez kontuzje. W sezonie 2014 zajął z United pierwsze miejsce w konferencji wschodniej, lecz sam pauzował w trakcie rozgrywek przez pięć miesięcy z powodu urazu stawu skokowego. Ogółem w barwach ekipy z Waszyngtonu spędził siedem lat, jednak z powodu częstych kontuzji nie był w stanie rozwinąć pełni swojego potencjału.
W styczniu 2016 Pontius został oddany do klubu Philadelphia Union, w zamian za kwotę allocation money. Tam z miejsca został czołowym piłkarzem ekipy i już w pierwszym sezonie otrzymał nagrodę MLS Comeback Player of the Year.