W 1947 habilitował się na Uniwersytecie w Monachium, w 1949 został profesorem w Monachium, w 1952 był profesorem w Erlangen, w 1955 został profesorem zwyczajnym pedagogiki w Münster, jako następca prof. Martin Rothland Disziplingeschichte im Kontext. Erziehungswissenschaft an der Universität Münster nach 1945, 2008..
W swojej działalności naukowej zajmował się podstawowymi zagadnieniami z zakresu pedagogiki oraz historią kształcenia.
Ernst Lichtenstein w okresie rządów narodowego socjalizmu był prześladowany przez reżim jako mischling II stopnia – czyli osoba mająca w swoim drzewie genealogicznym jednego żydowskiego dziadka – pochodzenie żydowskie miał ze strony ojca, matka była ewangeliczką. Prześladowaniom poddana była również cała jego rodzina ze strony ojca i poddana zagładzie, ojciec został doprowadzony przez reżim do śmierci samobójczej w 1937, brat wysłany na roboty przymusowe, gdzie zaginął, wielu innych członków rodziny również uległo zagładzie. Ernst Lichtestein zawarł w 1937 małżeństwo z Friederike Hausleitner (z powodu swojego pochodzenia nie wolno mu się było ożenić z Niemką).