Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę Stanisław Harmata został zatrudniony w MSW w Warszawie na stanowisku starszego referenta, a w 1920 został mianowany starostą powiatowym w Radomsku. W 1926 został mianowany starostą w Rohatynie w woj. stanisławowskim, a po pięciu latach uzyskał stanowisko starosty stryjskiego. Ten ostatni urząd sprawował w latach 1931–1939. Jako starosta stryjski zaangażował się w budowę nowego Domu Zdrojowego w uzdrowisku Morszyn k. Stryja i przy tej okazji miał możność goszczenia u siebie ambasadora USA w Polsce, który także wspierał tę inwestycję. W 1935 w Stryju gościł prezydent Estonii Konstantin Päts, którego podejmował Stanisław Harmata. Przy tej okazji starosta stryjski odznaczony został estońskim Orderem Krzyża Orła. W okresie od października 1932 do 19 lutego 1935 pełnił także funkcję I wiceprezesa W.C.K.S. Pogoń Stryj. W styczniu 1939 objął stanowisko naczelnika Wydziału Ogólnego w Urzędzie Wojewódzkim w Krakowie.