Podczas kadencji Stoneya dubliński port został przekształcony z portu typowo pływowego (czyli uzależnionego od pływów morskich) w port głębokowodny, gdzie zacumowane statki o dużym zanurzeniu mogły utrzymywać pływalność na wodzie także w trakcie odpływów. Stoney zaprojektował wielką pogłębiarkę oraz pokierował przebudową ponad 2 km nabrzeży na północnych i południowych brzegach rzeki Liffey, doprowadził także do wydłużenia północnych nabrzeży w kierunku wschodnim i wybudowania basenu portowego Alexandra Basin. Rzekę pogłębiono tak, że promy mogły kursować z jednego jej brzegu na drugi przy każdym poziomie pływu. Zamiast użycia kosztownych koferdamów i wypompowywania wody, budowano dolne sekcje głębokowodnych nabrzeży z jednolitych betonowych bloków o wadze 350 ton. Stoney zaprojektował maszynerię do transportu i osadzania tych bloków na dnie rzeki, a także wielki keson, przy użyciu którego robotnicy wyrównywali dno.
Oprócz prac w porcie kierował też projektem przebudowy i samą przebudową dublińskich mostów na rzece Liffey: Grattan Bridge, O’Connell Bridge, a także zaprojektował nieistniejący już most obrotowy Beresford Bridge.