Kościół, doszczętnie zniszczony przez pożar, został przebudowany w 1149 roku, po czym całkowicie rozebrany i dzięki hojnej pomocy finansowej patrycjuszowskich rodzin Badoer i Da Mula odbudowany w ciągu 1225 roku jako bazylika w stylu bizantyńskim. Kolejna odbudowa miała miejsce po trzęsieniu ziemi w 1345 roku. W jej trakcie dobudowano transept, a korpus nawowy przekryto stropem w kształcie stępki. Nawy przebudowano w stylu gotyckim, również romańskie kapitele kolumn nawy głównej zostały zastąpione innymi, o wyraźnych cechach gotyckich. Przebudowano apsydę centralną, zaznaczoną na zewnątrz pilastrami i zwieńczoną drobnym łukiem arkadkowym. Z prawej strony, przed prezbiterium, zbudowano tzw. barco (chór zakonny). W 1566 roku do kościoła przeniesiono chrzcielnicę, wyburzając następnie mieszczący ją budynek, położony z lewej strony apsydy. Dwa lata później rozpoczęto tym miejscu budowę zakrystii. W 1568 roku przestrzeń pomiędzy dzwonnicą (wówczas nieprzylegającą do kościoła) a transeptem wypełniały domy duchowieństwa. Kolejne prace restauracyjne przeprowadzono w XVI wieku. W 1592 roku wyburzono barco, przenosząc ołtarz Krzyża. W tym samym roku scuola de devozion SS Sacramento nabyła kaplicę w prawej apsydzie, poddając ją następnie całkowitej przebudowie, zakończonej w 1604 roku.