tam też stwierdził, że w Tatrach panują dobre warunki dla astronomii. Wskutek zawarcia układu monachijskiego w 1938 roku, czechosłowackie obserwatorium astrofizyczne w miejscowości Stará Ďala (obecnie Hurbanovo) w Słowacji zostało zamknięte. Bečvář pomyślnie zaapelował do rządu słowackiego, aby potężny reflektor o aperturze został przeniesiony na nowe miejsce nad Łomnicki Staw. W latach 1941–1943 z jego inicjatywy wybudowano nowe obserwatorium nad Łomnickim Stawem (), którego był pierwszym dyrektorem (1943–1950). W styczniu 1945 roku z narażeniem życia ochronił obserwatorium przed wysadzeniem przez wycofujących się żołnierzy niemieckich.
Obserwatorium było jednym z najwyżej położonych obserwatoriów w Europie i jedynym wysokogórskim obserwatorium w Czechosłowacji. W czasie swojego istnienia stało się uznanym instytutem naukowym. Zainicjowana została tu tradycja badań Słońca i materii międzyplanetarnej. Ponadto wykładał astronomię na słowackim Uniwersytecie Komeńskiego w Bratysławie.