Niestety, zgromadzone na budowę kościoła materiały zostały rozgrabione w sierpniu 1914 roku, tuż po wybuchu I wojny światowej. Po wybuchu pierwszej wojny światowej ks. Szczęsnowicz zaangażował się w pomoc poszkodowanym przez działania wojenne. W listopadzie 1914 r. wszedł w skład Suwalskiego Komitetu Obywatelskiego, powołanego przez władze rosyjskie do udzielania pomocy mieszkańcom powiatu. 10 stycznia 1915, po przeniesieniu do Suwałk, wybrany został prezesem Suwalskiego Komitetu Obywatelskiego. Do zadań tego Komitetu należał m.in. podział środków, otrzymanych z gubernialnego komitetu obywatelskiego i rozpatrywanie indywidualnych próśb o wsparcie. Ks. Szczęsnowicz określił sieć 4-6 osobowych komitetów gminnych i rejonowych w powiecie i wyznaczył do ich tworzenia pełnomocników. Został wybrany również przedstawicielem Komitetu Powiatowego w Gubernialnym Komitecie Obywatelskim. Z powodu lutowej ofensywy Niemców działalność komitetu suwalskiego została przerwana. Suwałki znalazły się pod okupacją niemiecką. Ks. Stanisław Szczęsnowicz pozostał w Suwałkach do końca wojny.