Po wyzwoleniu, 18 stycznia, zostało powierzone mu zadanie tworzenia struktur MO i UB w Radomsku (ostatecznie jego rola ograniczyła się tylko do tworzenia milicji, której został komendantem). Przyznano mu poniemieckie, pięciopokojowe mieszkanie, w centrum Radomska, wraz z niemiecką służącą. Kubik podzielił się nim ze swoją bliższą i dalszą rodziną, samemu zajmując tylko jeden pokój. W grudniu odznaczony Orderem Virtuti Militari i awansowany do stopnia kapitana. Podobnie jak w czasach okupacji utrzymywał dobre stosunki z oddziałami AK, tak samo po wojnie spotykał się z towarzyszami broni, zarówno z AL jak i z AK. W 1948 w czasie wspólnego spożywania alkoholu i gry w karty Kubik odniósł się do sytuacji jego akowskich kolegów, mówiąc, że wszystko miało wyglądać inaczej. Niedługo potem został aresztowany przez UB pod zarzutem przyjmowania korzyści majątkowych jako komendant MO, do czego się przyznał. Wkrótce aresztowany ponownie pod zarzutem zabójstwa dwóch Żydów w 1943 (czego w rzeczywistości dokonał Feliks Kupniewicz). Trzecim aktem oskarżenia była przynależność do nielegalnej organizacji (art. 38 dekretu sierpniowego). Ostatecznie zwolniony z więzienia jesienią 1951, nie dostawszy żadnej pracy (ostatnim miejscem zatrudnienia był dom wczasowy) Czesław Kubik znalazł się na utrzymaniu swojej siostry Kazimiery.