II wojna światowa W latach 1940–1944 wykładała angielski na Uniwersytecie Wileńskim, działała w ruchu oporu i pisała artykuły do antyradzieckiej gazety „Į laisvę”. W czerwcu 1941 jej siostra Izabelės wraz z mężem Valentinasem Gustainisem i dwójką małych dzieci zostali zesłani na Syberię. Latem Magdalena Avietėnaitė 1944 opuściła Litwę i udała się do Kowna. W latach 1945–1948 pracowała w obozie dla uchodźców wojskowych w Niemczech jako sekretarz generalny Litewskiego Czerwonego Krzyża. W 1947 została zaproszona przez żonę dyplomaty Petrasa Klimasa do Paryża, skąd w 1949 wyjechała do Stanów Zjednoczonych.
Powrót do USA W latach 1949–1952 pracowała w bibliotece University of Detroit Mercy, natomiast w latach 1952–1953 uczyła socjologii w Annhurst College, prywatnej katolickiej szkole. Od czasu powrotu do Ameryki aktywnie angażowała się w działalność litewską. Była członkiem komisji politycznej Najwyższego Komitetu Wyzwolenia Litwy (VLIK), tłumaczyła na angielski wszystkie dokumenty opracowane przez tę organizację.