Na przełomie lat 60. i 70. Służba Bezpieczeństwa rozpoczęła prowadzenie przeciwko Kościołowi sprawy obiektowej pod kryptonimem „Ortodox”, której celami były zbieranie informacji o działalności duchowieństwa greckokatolickiego i nastrojach wiernych, a także wykorzystywanie antagonizmów pomiędzy klerem greckokatolickim a rzymskokatolickim z zamiarem ograniczania wpływów i kompromitacji duchownych. Mimo szerokich działań władzom nie udało się zlikwidować w Polsce Kościoła greckokatolickiego. W okresie pomiędzy rokiem 1957 a 1980 święcenia kapłańskie przyjęło 21 księży, w latach 1980–1989 kolejnych 28 kleryków. W dniach od 21 czerwca do 6 lipca 1984 po raz pierwszy Polskę odwiedził sekretarz Kongregacji ds. Kościołów Wschodnich abp Myrosław Marusyn. Do 1989 roku grekokatolicy byli pozbawieni swojej hierarchii kościelnej.
W III Rzeczypospolitej thumb|Podział administracyjny od 2020 thumb|Podział i parafie Kościoła w 2019