Z kolei w latach 1570–1582 trybunał z Llereny prowadził postępowania przeciwko jednej z najliczniejszych w Hiszpanii grupie tzw. alumbrados. W przeciwieństwie do judaizantów, byli oni traktowani dość łagodnie, nikogo nie skazano na śmierć i tylko przywódców skazano na galery.
Po stłumieniu powstania morysków (Hiszpanów arabskiego pochodzenia) z Grenady w 1568 wielu z nich zostało przesiedlonych w głąb Hiszpanii, w tym do Estremadury. Z uwagi na podejrzenia o potajemne praktykowanie religii muzułmańskiej, stawali się obiektem zainteresowania inkwizytorów. Trybunał w Llerenie zaczął systematycznie badać poglądy religijne przesiedlonych morysków od 1584. Jednak w latach 1609–1614 społeczność tę całkowicie wygnano z Hiszpanii. Mimo to, jeszcze w 1632 w rejonie Alcantary inkwizytorzy odkryli grupę kilkunastu morysków, którzy powrócili z wygnania i jednocześnie kontynuowali potajemnie swoje praktyki religijne. Potraktowano ich jednak stosunkowo łagodnie, a część spraw w ogóle nie zakończyło się wyrokami.