W 1864 roku Stewart walczył podczas kampanii atlanckiej i po śmierci Leonidasa Polka w bitwie pod Mariettą w czerwcu zastąpił go na stanowisku dowódcy III Korpusu Armii. 23 czerwca 1864 po bitwie pod New Hope Church został mianowany tymczasowym generałem broni (Lieutenant General). 20 lipca wziął udział w bitwie pod Peachtree Creek, a następnie poprowadził III Korpus w bitwie pod Ezrą, gdzie 28 lipca został ranny w czoło.
Jesienią 1864 roku Alexander P. Stewart poprowadził III Korpus podczas kampanii Franklin-Nashville, uczestnicząc w listopadzie w bitwie pod Franklin, a w grudniu w bitwie pod Nashville. Korpus Stewarta poniósł ciężkie straty w pierwszym dniu bitwy pod Nashville, a drugiego dnia został rozbity na lewej flance. Pozostałości Armii Tennessee skierowano na wschód, gdzie w 1865 roku walczyły w kampanii na terenie stanów Karolina Północna i Południowa, po raz kolejny pod dowództwem gen. Josepha E. Johnstona, który oddał Armię Tennessee (do tego czasu liczącą mniej niż 5000 ludzi) pod dowództwo Alexandra P. Stewarta.
Armia została poddana 26 kwietnia 1865, a 1 maja w Greensboro w Karolinie Północnej A.P. Stewart warunkowo został zwolniony do domu.