W listopadzie 1863 przejęto szyfrowaną rządową depeszę ze Lwowa do Wiednia, z której wynikało, że Kaczkowski jest konfidentem austriackim. Tajny sąd obywatelski skazał go 21 stycznia 1864 na utratę czci i banicję, jednak Rząd Narodowy wyroku tego nie zatwierdził. Kaczkowski wkrótce wyjechał do Paryża. Dopiero w 1920 historyk Eugeniusz Barwiński, na podstawie ujawnionych tajnych akt austriackich, udowodnił, że Kaczkowski był tajnym płatnym agentem austriackim, a działalność swoją kontynuował także we Francji i Wiedniu. Jego działalność doprowadziła do rozbicia galicyjskiej organizacji spiskowej, co pociągnęło za sobą falę aresztowań. Powstanie styczniowe straciło tym samym możliwość oparcia w społeczeństwie Galicji.
W latach sześćdziesiątych i siedemdziesiątych Kaczkowski prowadził w Wiedniu i Paryżu operacje finansowe, które przyniosły mu znaczny majątek. Zaprzestał wówczas na długo pracy literackiej.
Był też twórcą planu, który ułatwił Francuzom spłacenie niemieckich kontrybucji wojennych po wojnie w latach 1870-1871, za co został nagrodzony tytułem kawalera Orderu Narodowego Legii HonorowejKrzysztof Kwaśniewski, Lech Trzeciakowski: Polacy w historii i kulturze krajów Europy Zachodniej. Słownik biograficzny. Poznań: Instytut Zachodni, 1981, s.