Tryb życia Skałoskakun gruboogonowy prowadzi naziemny, nocny tryb życia. Żywi się głównie nasionami, choć zjada też łodygi roślin (szczególnie w suchszych warunkach) i w niewielkiej proporcji bezkręgowce. Większość roślin, którymi się żywi, to gatunki pospolite, dla których pożary nie są dużym zagrożeniem. Kiedy populacja ma małą liczebność, skałoskakun gruboogonowy trzyma się kwarcytowych grzbietów i urwisk, które porastają trawy lub krzewy, ewentualnie także rozproszone drzewa. Kiedy liczebność wzrasta (ze względu na naturalny cykl), gryzoń obejmuje bardziej różnorodne siedliska, takie jak osypiska, wzgórza i doliny zbudowane z granitów, wapieni, kwarcytów i piaskowców, porośnięte przez tussock, niskie zarośla i otwarte lasy. Prawdopodobnie wilgotne obszary, chronione przed pożarami, stanowią istotne schronienie dla tych gryzoni w czasie, gdy opady są niskie.
Niewiele wiadomo o rozrodzie tego gatunku. Samice rodziły w niewoli od 1 do 4 młodych. W naturze młode widywano w marcu, kwietniu, lipcu i listopadzie, co wskazuje, że jeśli tylko warunki temu sprzyjają, gryzoń ten może rozmnażać się przez cały rok.