Teresa otrzymała pozwolenie na utworzenie dwóch klasztorów dla mężczyzn, którzy chcieli przyjąć zreformowaną przez nią konstytucję. Przekonała świętego Jana od Krzyża i Antoniego od Jezusa, by pomogli jej w tym przedsięwzięciu. W listopadzie 1568 roku założyli oni pierwszy klasztor braci karmelitów bosych w Duruelo. O. Gerónimo Gracjan, przyjaciel Teresy, i wizytator zakonu karmelitów w Andaluzji, komisarz apostolski, późniejszy prowincjał karmelitów bosych pomógł jej zakładając klasztory w Segowii (1571), Beas de Segura (1574), Sewilli (1575) i Caravaca de la Cruz (1576). W tym czasie święty Jan od Krzyża, jako nauczyciel i kaznodzieja dalej rozwijał duchowość karmelitańską.
Prześladowania W roku 1576, tradycyjna, nie podlegająca reformie część zakonu karmelitów rozpoczęła prześladowania zwolenników reformy. Stosownie do treści uchwał przyjętych na zgromadzeniu Kapituły Generalnej w Piacenzy, przełożeni karmelitów zakazali dalszego zakładania klasztorów według zreformowanej reguły. Generał zakonu rozkazał Teresie przejść na dobrowolny spoczynek do jednego z jej klasztorów. Teresa zgodziła się na to i wybrała klasztor pod wezwaniem świętego Józefa w Toledo. Oznaczało to koniec wprowadzanych przez nią reform. Jej współpracownicy i podwładni zostali poddani znacznie cięższym prześladowaniom.