Dwa tygodnie później znów spotkał się ze Stop the Music w Laurel Futurity. Secretariat wygrał o 8 długości. Swój pierwszy sezon zakończył łatwym zwycięstwem w Golden State Futurity. Za swoje osiągnięcia w 1972 roku, zdobył Nagrodę Eclipse dla najlepszego dwuletniego ogiera sezonu i tytuł Konia Roku. Zaszczyt ten niezwykle rzadko jest przyznawany dwulatkom.
Sezon 1973 W styczniu 1973 roku zmarł Christopher Chenery, a podatki od jego majątku postawiły Penny w trudnej sytuacji finansowej – musiała ona rozważyć sprzedaż Secretariata. Zamiast tego, wraz z Sethem Hancockiem z Claiborne Farm, udało jej się sprzedać 32 akcje o wartości 190 000 dolarów każda, łącznie dając sumę nieco ponad 6 milionów dolarów. Suma ta przewyższała poprzedni rekord sprzedaży, który należał do ogiera Nijinsky. Chenery zachowała cztery udziały, więc nadal miała pełną kontrolę nad trzyletnią kampanią Secretariata, ale zgodziła się na to, by pod koniec sezonu przeszedł na emeryturę. Jego pierwszy start w sezonie odbył się w drugiej połowie marca. Trener jednego z rywali stwierdził, że jedyna szansa dla innych koni będzie tylko wtedy, jeśli Secretariat upadnie. Big Red pod koniec gonitwy przedarł się przez dziurę pomiędzy końmi i wygrał z łatwością. Na początku w Gotham Stakes Laurin chciał poeksperymentować.