W 2019 roku, w ciągu pierwszego roku od zaprzysiężenia Bolsonaro na prezydenta, ze względu na prowadzoną przezeń politykę zachęcania hodowców bydła i plantatorów do intensywnej eksploatacji lasów, brazylijski Krajowy Instytut Badań Kosmicznych zanotował wzrost powierzchni pożarów (głównie powstałych wskutek umyślnych podpaleń) o 83 proc. w porównaniu z rokiem wcześniejszym. Oskarżany o odpowiedzialność za gwałtowne pożary Bolsonaro zrzucał ją na organizacje pozarządowe. Po fali krytyki wycofał się częściowo z tych oskarżeń, uznawał ich jednak za „najbardziej podejrzanych” o katastrofę ekologiczną.
Kwestie gospodarki i nauki Jest przeciwnikiem nadmiernej ingerencji państwa w gospodarkę, postuluje ograniczenie wydatków państwa, jednocześnie jednak sprzeciwia się prywatyzacji firm państwowych działających w niektórych strategicznych branżach np. koncernu naftowego Petrobras. Postuluje wprowadzenie podatku liniowego i reformę podatkową zmniejszającą podatki dochodowe. Twierdził, że przeprowadzi reformę systemu emerytalnego, która zmniejszy deficyt budżetowy, nie przedstawił jednak szczegółów reformy.