W latach 1987 oraz 1989 Heidelberg United dwukrotnie spadał z NSL do rozgrywek Victorian State League. Jednocześnie w latach 1988 i 1990 zwyciężał w rozgrywkach stanowych, uzyskując tym samym awans do NSL. Ostatni okres klubu w NSL przypadł na lata 1990 – 1995. W rozgrywkach ligowych klub kończył na miejscach, które nie dawały awansu do serii finałowej. Natomiast w rozgrywkach NSL Cup w sezonach 1992/1993 i 1994 klub dochodził do finału rozgrywek. W sezonie 1992/1993 Heidelberg United po raz pierwszy w swojej historii triumfował w pucharze NSL Cup. W finale pokonał zespół Parramatta Eagles 2:1. Natomiast w 1994 roku uległ zespołowi Melbourne Knights (porażka 0:6). Sezon 1994/1995 był ostatnim, w którym Heidelberg United uczestniczył w rozgrywkach NSL. Heidelberg United zakończył sezon na ostatnim 13. miejscu i spadł do rozgrywek Victorian Premier League. Ostatni mecz w NSL klub rozegrał w dniu 9 kwietnia 1995 roku przeciwko Melbourne Zebras. Spotkanie zakończyło się zwycięstwem Heidelberg United w stosunku 1:0.