W 1662 roku zawarł pokój z królem i został mianowany pierwszym sekretarzem Towarzystwa Królewskiego. Dzięki wstawiennictwu George’a Villiersa został biskupem Chester i przyjął sakrę 15 listopada 1668 roku. Zmarł 19 listopada 1672 roku w Londynie, w wyniku niewydolności nerek.
Jego przewidywania dotyczące języka uniwersalnego zainspirowały Petera Marka Rogeta do stworzenia tezaurusa, a także Ludwika Zamenhofa do opracowania esperanto. Według Davida Kahna, Wilkins jest autorem pierwszej w brytyjskiej historii, książki o kryptografii: „Mercury, or the Secret and Swift Messenger”.
Dzieła Lista: 1638: The Discovery of a World in the Moone, or a Discourse tending to prove that 'tis probable there may be another Habitable World in that Planet, 1640: A Discourse concerning a new Planet, tending to prove that 'tis probable our Earth is one of the Planets, 1641: Mercury, or the Secret and Swift Messenger, showing how a Man may with Privacy and Speed communicate his Thoughts to a Friend at any Distance, 1646: Ecclesiastes, or a Discourse concerning the Gift of Preaching, as it falls under the Rules of Art, 1648: Mathematical Magick, or the Wonders that may be performed by Mechanical Geometry, 1649: A Discourse concerning the Beauty of Providence in all the Rugged Passages of it, 1653: A Discourse concerning the Gift of Prayer;