W atmosferze zarzutów o herezję musiał przerwać wykłady i opuścić Akademię, przeniósł się wtedy na dwór biskupa kujawskiego Jana Drohojowskiego zostając jego kanclerzem. Do Krakowa powrócił na stałe po śmierci biskupa w 1557. Objął wtedy katedrę prawa kanonicznego, porzucając wykłady z prawa rzymskiego. Wydaje się też, że zmienił swoje poglądy dotyczące reformy Kościoła, albo koniunkturalnie postanowił ich więcej jawnie nie głosić. 6 kwietnia 1569 otrzymał prebendę kościoła św. Marii Magdaleny w Krakowie aż do śmierci posiadał również mało dochodowe probostwo w Wadowicach. Dziewięciokrotnie był wybierany na urząd rektora Akademii po raz pierwszy w 1561 ostatni w 1575.Zmarł na atak apopleksji w wieku 64 lat w trakcie trwania ostatniej jego kadencji rektorskiej. Został pochowany w kościele Franciszkanów, gdzie na krużgankach zachowało się jego epitafium. Jan z Turobina zasłynął jako bibliofil. Zgromadził pokaźny księgozbiór. Jeszcze przed wybuchem II wojny światowej znano kilkanaście pozycji z jego monogramem M. T. I (Magister Turobinus Ioannes) i z występującym tam herbem Prus I. Obecnie większość ksiąg zaginęła.