Zarząd Ogród botaniczny jest własnością publiczną, ale opiekuje się nim Uniwersytet Padewski. W jego imieniu ogrodem zarządza "Praefectus Horti Botanici Patavini" mianowany przez rektora Uniwersytetu. Wspomaga go Komitet Techniczno-Naukowy (CTS) złożony z ekspertów w dziedzinie botaniki i patologii roślin. Uniwersytet, który jest odpowiedzialny za utrzymanie ogrodu, utrzymuje stały personel (ogrodników), w czym wspiera go finansowo gmina. Aby zapobiec zabudowie Uniwersytet Padewski wykupił okoliczne tereny, gdzie zaplanowano utworzenie nowoczesnego Ogrodu Różnorodności Biologicznej.
Ogród Różnorodności Botanicznej Teren, na którym zbudowano Ogród Różnorodności Biologicznej, zakupiono w 2003 roku, aby zapewnić ogrodowi pas bezpieczeństwa, oddzielający go od otaczającego go miasta. Międzynarodowy konkurs na projekt jego zagospodarowania wygrał architekt Giorgio Strappazzon. Nowe szklarnie mają zainstalowane panele fotowoltaiczne i system zbierania wody deszczowej, służącej do podlewania. Umieszczono w nich 1300 gatunków z całego świata.