Penherski komponuje głównie utwory orkiestrowe, kameralne, radiowe oraz opery. Do najważniejszych kompozycji należy zaliczyć Musica humana (1963), Muzyka uliczna (1966), opery: Zmierzch Peryna (1972) i Edgar – syn Wałpora (1982), Kroniki mazurskie II na ork.symfoniczną i taśmę magnetofonową (1973), String Play na ork. smyczkową (1980), Kroniki szkockie na ork. symfoniczną (1987), Muzyczka na koniec wieku na flet prosty, dwie perkusje, organy i taśmę magnetofonową (1999), Mała litania smyczkowa na orkiestrę smyczkową (2002), Małe kroniki smyczkowe na orkiestrę smyczkową (2005).
Wybrane kompozycje (na podstawie materiałów źródłowych)
Dwie kołysanki na mezzosopran i fortepian (1955) Trzy pieśni na sopran i fortepian (1955) Cztery preludia na fortepian (1956) Sąd nad Samsonem opera radiowa (1967) 3M-H1 na taśmę (1969) Incantationi I dla 6 perkusistów (1972) Zmierzch Peryna, opera (1972) Anamnesis na orkiestrę symfoniczną (1975) Symfonia radiowa dla dwóch wykonawców na taśmę (1975) String Play na orkiestrę smyczkową (1980) Edgar syn Wałpora, opera (1982) Jeux parties na saksofon i perkusję (1984) Kroniki szkockie na orkiestrę symfoniczną (1987) Wyspa róż, opera kameralna (1989) Trzy pieśni dziecięce na 2- lub 3-głosowy chór (1990) Sygnały na orkiestrę symfoniczną (1992) Sygnały II na orkiestrę (1995) Intrada na