Od 1960 do 1964 prowadził badania nad postawami moralnymi uczniów szkół podstawowych (wespół z Hanną Malewską). Wacław Strykowski stwierdził, że prace metodologiczne Muszyńskiego wywarły duży wpływ na uprawianie pedagogiki w Polsce, w latach 70. XX wieku. Podobne do jego koncepcji pedagogicznych pojawiały się równolegle na Zachodzie (np. Just commuity School Lawrence'a Kohlberga w USA).
W swojej, odwołującej się do marksizmu, wizji pedagogiki Muszyński wychodził z założenia, że proces wychowawczy winien być nastawiony na przygotowanie dzieci i młodzieży do aktywnego i pożytecznego życia w społeczeństwie, a także na przygotowanie ich do wzięcia odpowiedzialności za życie społeczne. Wychowanie miało się odbywać według zasad ustalanych przez postęp. Młody człowiek i dziecko winno być przygotowane do tego, że cele jego działania mają być skoncentrowane na walce z klasami wyzyskującymi i panującymi, a także na takiej organizacji życia społecznego, która zapewni jak najlepszy byt jemu, jak i kolektywowi, w którym przyszło mu żyć. W tym celu wychowawca winien prokurować sytuacje, które rozbudzą w wychowankach kreatywność i aktywność.