Widok Pawii Z fresków zdobiących wnętrze najbardziej znany jest, widoczny w lewej nawie, Widok Pavii pędzla Bernardina Lanzaniego z 1522 roku, przedstawiający miasto podczas wojny między Hiszpanami a Francuzami. W górnej części, na chmurach ukazani zostali: Bóg Ojciec oraz święci patroni miasta: Syrus, Augustyn i Teodor. W dolnej części, na pierwszym planie, rozciąga się szeroki pejzaż z miastem, zamkiem Viscontich z parkiem, natomiast w tle widoczny jest łańcuch Alp. Fresk ten jest najstarszym widokiem Pawii.
Sceny z życia św. Agnieszki W prawym transepcie znajduje się cykl fresków z 1514 roku, zrealizowany przez malarza, zbliżonego warsztatowo do Bramantina, przedstawiający sceny z życia św. Agnieszki. Narracja ikonograficzna rozpoczyna się od syna prefekta, który zakochuje się w przyszłej świętej, poprzez jej odmowę złożenia hołdu bożkom, publiczne jej ukaranie, cuda podczas tortur, którym była poddawana i ostatecznie skazanie jej na śmierć poprzez spalenie na stosie.