We wrześniu 1995 podjął decyzję o emisji nowego programu telewizyjnego WCW, Monday Nitro, w poniedziałki w tych samych godzinach co konkurencyjny program WWF, Monday Night Raw. Rywalizacja między WCW, a WWF przeszła do historii pod nazwą Monday Night Wars.
Okazjonalnie Eric Bischoff występował także w ringu jako wrestler. 5 czerwca 2000 pokonał Terry’ego Funka w walce o mistrzostwo WCW Hardcore. Następnego dnia oddał swój tytuł tag teamowi The Mamalukes (Big Vito i Johnny The Bull).
23 marca 2001 World Championship Wrestling zostało wykupione przez World Wrestling Federation za 4,2 miliony dolarów.
Od 15 lipca 2002 występował w WWE Vince’a McMahona jako manager generalny brandu Raw. Rywalizował z managerem ECW, Teddy'm Longiem, z managerem SmackDown Stephanie McMahon i z Johnem Ceną. W 2003 od kwietnia do listopada dzielił stanowisko ze Steve’em Austinem, a w grudniu z Mickiem Foley. 5 grudnia 2005 Vince McMahon postawił Bischoffa przed sądem, sam będąc sędzią w jego sprawie, i wypomniał managerowi generalnemu różne momenty kiedy zachował się w sposób niemoralny. Po wyreżyserowanym procesie McMahon zwolnił Bischoffa i dosłownie wrzucił go do śmieciarki.